Desde que se anunció el Tren Maya de AMLO el proyecto se ha visto envuelto en múltiples polémicas de diversos tipos.
Desde el presidente peleándose con ambientalistas para negar las evidencias de ecocidio, pasando por los escándalos de corrupción y enriquecimiento ilícito con las obras por parte de los amigos del hijo de López Obrador, el Tren Maya está en el ojo del huracán constantemente.
Ahora debemos agregar que los pasos de fauna que prometieron serían construidos para evitar el desplazamiento de las especies animales han sido mal diseñados, al punto de que ahora son usados por cazadores furtivos, quienes atentan contra el ecosistema con fines de lucro.